自闭症的原因仍然是未知的，许多研究人员怀疑自闭症是由基因控制的，然后是由环境因素触发的。即使环境因素的影响还没有定论，孩子怎么会自闭?
自闭症的常见原因：
认知障碍因素：
有人提出了认知功能理论和社会功能理论。他们认为，心理认知障碍会损害孤独症儿童了解他人心理状态的能力，导致社会交往能力的缺乏，甚至把人当作无生命的物体对待。人们的自觉行为常常被误解。
神经内分泌和神经递质：
儿童的行为与神经介质密切相关。研究表明，5-羟色胺和/或多巴胺在中枢神经系统的活性降低。下丘脑功能障碍会引起孤独。还有人认为，孤独和无法与他人联系等症状是由大脑内啡肽中神经药物的异常作用引起的。
免疫疾病：
降低具有免疫功能，降低的活性淋巴细胞的数量，抗感染功能下降。
脑器质性损害：
如先天性损伤、宫内窒息、感染、中毒等，儿童癫痫发作、脑电图异常、脑CT、MRI等，有15%～50%的非特异性改变。有些伴有神经和身体畸形的迹象。先天性风疹病毒感染和巨细胞病毒感染可能与孤独症的发病有关。
遗传因素：
有些孩子有遗传易感性。自闭症的遗传因素已经很明显了。这种疾病影响2%至6%的兄弟姐妹和36%的同卵双胞胎。
多种原因：
许多研究表明，自闭症通常与某些疾病并存，如脆性X综合征、肌营养不良、结节性硬化、先天性风疹、苯丙酮尿症和Purine代谢，因此孤独症被认为是一种多病因神经综合征。
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